Im Prinzip kommt es hier auf den MV an. Im Gewerbebereich ist hier sehr vieles frei verhandelbar. Hier kann demnach vereinbart werden, dass die Lagerräume und der Cafébereich eine Gesamtmietfläche ist zum Preis von x Euro. Oder es wird vereinbart, dass das Café zu X Euro und Lagerfläche zu Y Euro angemietet wird.
In der Regel wird es aber so sein, dass die Nebenräume zum Café´gehören. Bei Toiletten ist es ja aber in jedem Fall so, dass es Café-eigene Toiletten sind. Also Räume die nur durch das Café zu betreten sind. Daher gehören sie natürlich zur Mietfläche.
Wenn Du ganz sicher gehen willst, umrahme die Mietfläche auf einem Grundriss und nimm diesen als Anlage zum MV. Dann isst ganz klar. Und wenn Du dann auch noch eine Aufteilung der Mietpreise je nach Nutzungsart aufnehmen. Dann ist es auch klarer, wenn Mieterhöhungen oder Minderungen anstehen.