Ich hab jetzt mal ein wenig getestet:

• Bei laufenden Motor an diversen Kabeln gewackelt und gezogen > Motorrad läuft weiter
  
• Sichtkontrolle Kabel und Stecker > sieht gut aus
  
• IAC Sensor > deutlich zu hören beim Ausschalten der Zündung > ausgebaut > sieht gut aus (siehe Anhang)
  
• Systemrelais bei laufendem Motor abgezogen > Motor geht aus > Steuergerät enthält mehrere Fehler > als Fehler ausgeschlossen
  
• Kurbelwellensensor bei laufendem Motor abgezogen > Motor geht aus > kein Steuergerät enthält einen Fehler
  

Demzufolge werde ich wohl als erstes den Kurbelwellensensor tauschen, da identische Probleme mit diesem auch bei Autos bekannt sind. Pauschal werde ich den IAC Sensor gleich mittauschen,weil ich ihn eh schon draußen habe.

@turbo
Dein Hinweis mit erwärmen der Schrauben des IAC Sensors war übrigens gut. Ich habe ihn natürlich nicht befolgt und mir ist eine Schraube abgerissen. Diese muss ich nun ausbohren und das Gewinde neu schneiden.

IAC Motor und Kurbelwellensensor getauscht, 60 km Testfahrt, alles gut. Am selben Tag noch eine Tour gemacht, nach 40 km ging sie wieder einfach aus. Diesmal haben alle Lampen im Tacho geleuchtet und es Stand "side seand" im Tacho. Außerdem steht der Fehlercode U1016 im TSM/TSSM Steuergerät. Übrigens stand nicht "side stand" oder so im Display sondern wirklich "side seand". Ich habe sie dann nicht mehr wirklich in Gang bekommen und konnte mich wieder abholen lassen.

In der Garage dann wollte ich den Fehlercode nochmal auslesen und bin gar nicht mehr an das Motorsteuergerät ran gekommen (no rsp) trotz Schalter auf run. Dann hörte ich es immer seltsam klicken, nehme die Sitzbank ab und tatsächlich schaltet das Systemrelais wie es gerade lustig ist. Also heißt es jetzt an dieser Stelle weiter zu suchen.

U1016 , loss of ECM serial data
Wenn du den Sensor getauscht hast, müssten bei abgezogenem Stecker am Pin 1000 ohm anliegen.
Du hast nicht zufällig auch noch einen Powercommander verbaut?

Nein, ich habe keinen Powercommander verbaut. Egal wieviel Ohm der Sensor hat, das Systemrelais wird von der ECM und/oder dem Engine Stop Switch geschaltet und darf auf keinen Fall so klappern.

Genau so ist es, kein konstantes Signal für das Relais.

Heute habe ich mich nun wieder mit der Sache befasst. Zündung angemacht und alles funktioniert wieder tadellos. Relais schaltet wie es soll und so weiter. Im Vergleich zum Wochenende, wo das Relais beim mehrmaligen Einschalten der Zündung immer geklappert hat, habe ich nichts verändert. Weder das Motorrad bewegt noch sonst irgendwas. Deswegen schließe ich einen Kabelfehler und das Relais selbst fast aus.

Wenn man sich den Stromlaufplan anguckt sieht man, dass das System Relais vom ECM geschalten wird. In Verbindung mit dem U1016 Fehler und das ich, als das Relais geklappert hat, nicht mal mehr das ECM zum Fehler auslesen erreichen konnte, schließe ich schon fast auf ein defektes ECM.
Leider ist mir nicht ganz klar wer bei dem U1016 Fehler den Verlust der seriellen Datenverbindung beklagt. Das ECM, TSM, ABS Modul oder IM? 

Mich nervt, dass sich der Fehler nicht reproduzieren lässt. Ich werde die Tage nochmal einen Heizlüfter auf ECM / System Relais halten und probieren, ob der Fehler vielleicht doch temperaturabhängig ist. Außerdem habe ich noch nicht versucht den Tacho bei laufendem Motor abzuziehen (Verlust serieller Datenverbindung) um zu sehen ob der Motor aus geht. Sonst habe ich schon eine Menge versucht.

scheiß Unsicherheit.